2003年9月、「ワゴンR」はフルモデルチェンジを実施し、3代目となりました。前回と同様キープコンセプトのモデルチェンジで、一目でワゴンRと分かる記号性を維持しながら、ボディラインは初代を彷彿とさせる直線基調のものとなり、2代目と比較すると男性的なイメージに変貌しました。これは、女性的なスタイリングを持つ姉妹車種「MRワゴン」との差別化を意図したものでした。又、この代から4ドア仕様が廃止され、5ドアに統一されました。
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プラットフォームを刷新し、直噴ターボエンジン搭載グレードを用意
ボディサイズは、全長と全幅は軽自動車の規格一杯のもので先代と変わりなく、全高のみ若干低くなり、1,635mm~1,655mmとなりました。これは、ルーフレール付の仕様がなくなった事も関係しています。又、プラットフォームは刷新され、基本性能向上が図られました。車両重量は800kg~910kgとなり、先代よりもかなり重くなっていました。
エンジンは、先代から受け継いだVVT付K6A型のNAとターボで、最高出力と最大トルクは、NAが54ps/6.4kgmで、ターボが60ps/8.5kgmでした。又、先代に引き続きスポーティグレード「RR」がラインナップされ、こちらには軽自動車初となる直噴ターボを含む2種類のK6A型インタークーラー付ターボエンジンが用意されました。スペックは共に最高出力64ps、最大トルク10.5kgmで、燃費と環境性能は直噴仕様が勝っていました。
トランスミッションは、ノーマルモデルには5速MT、4速トルコンAT、及びCVTが用意され、RRは5速MTと4速トルコンATが選択可能でした。駆動方式は、共にFFと4WDが用意されました。
マイナーチェンジで環境性能と燃費性能が向上、スティングレーを追加
2004年12月にマイナーチェンジを実施し、NAエンジン車の環境性能向上が図られるなどの改良が施されました。更に、2005年9月のマイナーチェンジの際には、一部グレードを除き燃費が向上し、ターボエンジン車も環境性能向上が図られるなど、時代の要求に応える改良が加えられました。
そして、2007年2月には、新たに派生モデル「ワゴンRスティングレー」がラインナップに加わりました。横長のディスチャージヘッドランプとフロントグリルが一直線に並ぶフロントマスクが採用され、テールランプがクリアタイプに変更されるなど、ベースモデルとは大きく雰囲気の異なるエクステリアが特徴でした。又、インテリアも黒で統一され、全体的に精悍なイメージで統一されていました。
エンジンは、NA、インタークーラー付ターボ、直噴インタークーラー付ターボの3種類が用意され、共に4速トルコンATと組み合わされました。又、ベーシックなワゴンRと同様、FFと4WDが選択出来ました。スティングレーは、特に若い世代の男性に好感を持って受け入れられ、ユーザー層を更に拡大する効果をあげました。
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